Die Organe der Rotseezunft sind:

• das Zunft-Bot als oberstes Organ der Zunft – entsprechend der Generalversammlung gemäss Vereinsrecht.

• der Zunftrat, bestehend aus den Mitgliedern Zunftpräsident, Säckelmeister, Tintenknecht,  Bauchef, Herold, Wirtschaftschef, Plakettenchef, Umzugschef, amtierender Zunftmeister, Vertreter Ehrenrat.